孕妇扁桃体发炎可以通过医生指导下的药物、日常护理等方法处理。具体来说：

1. 日常护理：如果扁桃体发炎不严重，为轻微咽痛，可以用淡盐水漱口保持咽腔清洁，注意清淡饮食、多喝水、多吃富含维生素和蛋白的食物以增强机体抵抗力。这样能有效缓解扁桃体炎症状。

2. 使用药物：若扁桃体发炎严重，伴有化脓感染、发热等情况，需积极治疗。应尽量选择更安全的药物，如青霉素类药物或头孢类药物，避免对胎儿产生副作用。如青霉素过敏，可选择头孢类药物如头孢呋辛、头孢克洛、头孢丙烯等。请遵医嘱用药，以免对身体造成不利影响。

此外，孕妇应保持良好的作息，避免过度劳累，保持身心放松，以增加抵抗力。这样能提高免疫力，改善孕妇扁桃体发炎症状，加速病情恢复。